1965-1966 Öğretim Yılı dahil Manisa Merkezde Ortaokul ve Lise öğretimi, Manisa Lisesi çatısı altında yapılmakta iken, okulumuzun 16 derslikli binasının yapımı, 1966 yılında tamamlanmıştır.

28.08.1966 tarihinde öğrenci kayıtlarına başlanmış olup, 1966-1967 öğretim yılında Manisa Merkez Ortaokulu adı altında eğitim - öğretime başlamıştır.

1966-1967 eğitim öğretim yılında 1. sınıfa kaydolan 907 öğrenci ve Manisa Lisesinin orta bölümünde 2. ve 3. sınıf öğrencilerinin gelmesiyle öğretime başlanmış ve 1966-1967 eğitim öğretim yılı sonunda ilk mezunlarını vermiştir.( 232 öğrenci )

1968 - 1969 öğretim yılı başında okulumuza Manisa Atatürk Ortaokulu adı verilmiştir.

1975 yılında okulumuza 8 derslikli ek bina yapılmıştır.

Ülkemizde 1997 yılına kadar temel eğitim 5 yıl olarak ilk okullarda sürdürülüyordu.  Ortaokullar, ilkokula dayalı olarak zorunluluk olmaksızın 3 yıl eğitim öğretim vermekteydi.

Ülkemizde 18.08.1997 tarih ve 23084 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren 4306 sayılı Temel Eğitim Kanunu ile ortaokullar, ilköğretim okullarına dönüştürülmüş ve okulumuz Atatürk İlköğretim Okulu adını almıştır.

15.05.2013 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 6287 sayılı İlköğretim ve Eğitim Kanunu ile Bazı Kanularda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun kapsamında Ülkemizde kesintisiz ve zorunlu temel eğitim süresi 12 yıla çıkarılmış olup, 4+4+4 tekrar değişmiş olup 2013-2014 eğitim öğretim yılı başından itibaren 5, 6, 7 ve 8. sınıfları kapsayan ortaokul statüsü kazanmıştır.

Okulumuzda 2015-2016 eğitim öğretim yılından itibaren Yabancı Dil Ağırlıklı sınıflar oluşturulmuştur.  Her yıl belirli sayıda şubede Yabancı Dil Ağırlıklı Eğitim verilmektedir.